在网站运营过程中，如果一个域名大量被搜索引擎索引，可能会给网站带来一些负面影响，比如降低网站的排名、增加服务器负担等。针对这种情况，有一些有效的方法可以帮助网站应对大规模索引问题。

首先，及时更新robots.txt文件是一种有效的方法。通过robots.txt文件可以告诉搜索引擎哪些页面不被索引，可以有效减少不必要的页面被搜索引擎收录。另外，可以通过设置网站地图来指导搜索引擎爬虫更好地抓取网站内容，避免大规模索引问题的发生。

其次，检查网站的内部链接结构也是非常重要的。合理的内部链接结构可以帮助搜索引擎更好地理解网站内容，避免无效页面被搜索引擎索引。通过优化内部链接结构，可以有效控制搜索引擎索引的规模。

此外，定期清理网站的无效页面也是应对大规模索引问题的有效方法。通过定期检查网站的索引情况，及时清理无效页面，可以避免不必要的页面被搜索引擎索引，提升网站的整体质量。

要应对一个域名大量被搜索引擎索引的问题，关键在于合理利用robots.txt文件、优化内部链接结构、定期清理无效页面等方法，从而有效控制搜索引擎索引的规模，提升网站的用户体验和排名。希望以上方法能对您解决大规模索引问题提供一些帮助。